水質微生物檢驗：
測定水質總生菌數及檢測有無腸道細菌存在，以偵測水質是否消毒完全或受到污染。每一樣本皆約大於 10m l於無菌容器中。
- 飲用水微生物檢驗：礦泉水、自來水、井水等。
- 透析液微生物檢驗：血液透析室用RO水，分別取洗腎前和洗腎後的水各二管。
- 特殊液體微生物檢驗：如牛奶、消毒液等，依無菌技術要求各採集二管。
醫療器械微生物檢測
偵測醫療器械是否遭受汙染或滅菌完全；採樣建議使用Amies 傳送管擦拭器械，再送至本所檢測。欲操作本項檢驗時請先與本所聯絡，以利準備檢驗器材。
環境落塵檢驗
偵測環境是否受污染之檢查；先將待檢測空間淨空10~15分鐘，將BAP培養基開蓋放置於欲監測空間，靜置30分鐘，完成後將培養基送至本所培養檢驗。欲操作本項檢驗時請先與本所聯絡，以利準備檢驗器材。
水中退伍軍人菌採集
- 採集之樣品應具有代表性，且避免污染樣品。盛裝水樣時，採樣容器之上端應留下至少2.5公分的空間，以便檢驗時進行樣品混合。
- 如果欲採取之水樣可能含有餘氯或其他鹵素，就必須在採樣容器內加入適量之硫代硫酸鈉（Na2S2O3）以中和餘氯，避免餘氯在樣品運送過程當中持續進行殺菌反應。採取加氯之廢水時，每 100 mL之水樣如加入 0.1 mL之 10% 硫代硫酸鈉，可中和之餘氯量約為15 mg/L。採取含氯之飲用水水樣時，每 100 mL之水樣如加入 0.1 mL之 3% 硫代硫酸鈉，可中和之餘氯量約為 5 mg/L。硫代硫酸鈉溶液在加入水樣前必須先經滅菌處理，可先加入採樣瓶中再以高壓滅菌鍋滅菌，或可用市售內含硫代硫酸鈉之無菌採樣容器。